《德宗遗事》中说，庚子年慈禧太后带着光绪西逃，一直到《辛丑条约》签订后才重返北京。在走到保定时，一行人停下休息，当时慈禧太后的卧室铺陈华美，供给周备，当李莲英伺候慈禧太后睡下后，各太监及内务府的人也纷纷散去，或饮酒赌博或休息。李莲英后来走到光绪的卧室，发现里面居然一个太监都没有，只有光绪一个人对着油灯枯坐，李莲英跪安后问：“主子为何这时还不睡？”光绪说：“你看看这屋里，教我怎么睡？”李莲英一看，发现这隆冬季节，光绪屋里除了坐褥和椅子靠枕外，竟然连被子都没有。
李莲英见后，当即跪下并抱着光绪的腿痛哭道：“奴才们真是罪该万死！”随后便赶紧把自己的被褥抱来，说：“今夜已深，不能再传他们，这是他们为奴才所设被褥，请主子将就用之，奴才罪上加罪，也没有办法了。”光绪回到北京后经常念叨此事，说：“若没有李俺答（满语，即师傅之意），我恐怕都活不到今日。”光绪的最后十年，经常被慈禧太后为难，李莲英也没有落井下石，有时还会在能力范围之内给光绪一点照顾，相比其他趋炎附势的太监们来说，李莲英还算是厚道的。
1908年，光绪和慈禧太后相继去世，李莲英在给慈禧太后守孝100天后，在宣统元年正月底向隆裕太后请求退休，隆裕太后准其“原品休致”（即享受原薪每月六十两银子的退休待遇）。就这样，李莲英无比眷恋的离开了他生活了52年的皇宫（9岁进宫，61岁离宫）。
中国自古以来就是“一朝天子一朝臣”，李莲英心里也清楚，慈禧太后死了，他的后台也就倒了，与其被人一脚踢开，倒不如识相点早些离开，免得到时遭遇不测之祸。据说，李莲英在离宫前办了一件聪明事，那就是将历年慈禧太后所赏的珍宝（共七大捧盒）完全献给了隆裕皇后，并说：“这是皇家东西，不应该流入到民间，奴才我小心谨慎地替皇家保存了几十年，现在年老体衰，乞求离开宫廷，所有这些宝物，奉还给主子”。这事让隆裕太后十分满意，所以李莲英死后，隆裕太后还按大臣的礼恤赏给丧葬费2000两。
李莲英掌管宫中实权多年，贪权纳贿在所难免，因而打他主意的人也为数不少。他当时这样做，恐怕之前早有准备，七捧盒的宝物就是要留作脱身之计。如此看来，李莲英的头脑十分清醒。曾任户部主事的何刚德在《春明梦录》中说，“宫内四十八处总管，各管宫殿一处，形容枯槁，衣服蓝缕，个个与穷寡妇无异。余进宫查勘工程，该总管等开门引导，必恭必敬。其伺候御前者，虽不能与此比例，然其数闻甚有限，且与廷臣势实隔绝，无从接洽。犹忆屡次召见时，在丹陛下板屋内小坐，太监端茶点火吹烟，备极恭顺，赏以京票四千，便似欢喜过望。余出京后，渐有招权纳贿之风说，而余终不深信。即如二次进京，事隔十二年，所见亦不过如是。吾岂屑为若辈讳哉，亦以疏逖小臣，无嫌可避，特纪其实耳。”
宫中太监虽多，但绝大多数无权无势，凄苦一生，“与穷寡妇无异”，也只有像李莲英这种能在慈禧太后面前说上话、并且掌管宫中实际管理权的（实则相当于宫中办公厅主任的角色），才有可能被人奉承乃至招权纳贿。不过，《宫女谈往录》中却这样评价说，“李莲英厚道的地方，在于对待底下人从来不克扣，所以下边的人很少有人咬牙切齿恨李莲英的”。据其所述，李连英处理家产也很恰当，他在戊戌以前就把自己的财产分成7股：地亩按弟兄5股均分，大约370多顷地；钱财按7股分，两个妹妹同样有份，数目不详。据坊间传闻，他的两个妹妹每人得17万两，另外首饰珠宝每人分了大约7捧盒。当然，这其中有以讹传讹的成分，但李莲英积下了一大笔财产却应是事实。
李莲英出宫后行为谨慎，轻易不出头露面，也不与社会上的人交往，因为有传言说他家财万贯，怕有人绑他的票。隐居期间，李莲英一再告诫自己的侄子们，“财大祸也大”，要时时警惕，但他的那些侄子们并没有把他的话放在心上，由此破家亡命，这是后话。
巧合的是，李莲英为清宫服务了一辈子，他死的那年也正好是清朝覆灭的1911年。据其家人所说，李莲英得的是“锁喉痢”，这种病非常厉害，李是正月二十九日发病，二月初四就死了，年63岁。李莲英死后，隆裕太后赐茔地一块，在恩济庄大公地内安葬。恩济庄在阜成门外，从雍正朝开始，这里就是专门埋葬太监的墓地。同样是墓地，各太监的身后待遇却大不相同，譬如南边墓地，其间荒丘累累，一片凄凉，那都是普通太监们的最后安身之所；北边就大不一样了，只见“矮树葱葱，青砖瓦舍，顿时使人有枯荣悬殊的感觉”。由于李莲英是六品太监，又是隆裕太后加恩礼葬，因而恩济庄里还修了一座石头牌坊，上边刻着“钦赐李大总管之墓”几个大字。
刘体智在《异辞录》中说，李莲英“在安得海之后，内监权势莫逾于彼，然孝钦太后家法綦严，惟内务府中司员在其宇下，不能不常与周旋。当时大僚，幸邀慈眷而交通宫禁，或知之有素。外廷诸臣，莫得晤其人。莲英从不轻出，识面尤稀。显后晏驾之四年正月，火神庙会移于香厂，忽于游人中，有人私语曰：‘此李莲英也。’视之，乃黑丑大汉，适成其为北方之强者而已。”
如此段记载属实的话，那么刘体智见到的正是当月发病前的李莲英，这个“黑丑大汉”的说法，颇为恰切。据《宫女谈往录》中说，恩济庄关帝庙的西偏殿里有一张李莲英的全身坐像，高二尺上下，“由头上往下看：二品的红顶子，身穿团龙护心的黄马褂，绛紫色的吉服，胸前挂着朝珠。粉底高筒靴子，两脚八字形踏在脚凳上，两手自然地垂放在两腿上。……看面貌：一张赭黄脸，高高的颧骨，两颊略长，肿眼泡子，眼睛微合，大鼻子，厚嘴唇，长下巴。这确实是李莲英，只是眼睛画得差一些。他是胡椒粒眼，虽然小，但非常敏锐，这一点没有传神。看起来他是特意要把庄重朴厚的形态留给后人了。”
赭黄脸，高颧骨，长脸，肿眼泡子，小眼睛，大鼻子，厚嘴唇，长下巴，从历史图片来看，李莲英的相貌确实有些“佛见喜”，只是，这位横跨晚清半个多世纪的历史见证人，他何以在凶险狡诈的宫廷政治取得成功？据说，李莲英曾用八个字总结了自己的一生，那就是“事上以敬，事下以宽”。此八字可谓处世真言。实事求是的说，一个太监能做成这样已属不易，过多苛责似无必要。